Indirect modification of overloaded element of CHttpSession has no effect

Yii не понимает, когда с Yii::app()->session работают как с многомерным массивом.
По этому вместо прямого присваивания

Yii::app()->session[$x][$y] = $z;

Надо использовать промежуточные массивы:

$array = Yii::app()->session[$x];
$array[$y] = $z;
Yii::app()->session[$x] = $array;